1、自然人股权转让时法律手续不符合税收法律规定
在实际中，许多自然人在转让股权时通常私自签订平价或折价的股权转让协议，在当地的工商部门办理变更登记手续后不去税务局备案，这个是不符合税法规定的，会受到税务的稽核和处罚。
自然人在转让股权后，应该将变更后的营业执照，股权转让协议、银行回单凭证等在税务机关备案，如果不是平价转让的，还要申报个人所得税。
2、申报的股权转让收入价格不公允
许多自然人为了少申报或不申报个人所得税，通常会在合同中约定不符合交易交易原则的条款，比如折价或平价转让，甚至有些新三板挂牌企业在转股系统中以很低的价格转让，以规避所得税。
67号文规定，被转让企业拥有土地、房屋等重大资产的，应以股权对应的净资产的公允价值(而非账面价值)为标准来衡量股权的转让价格是否偏低。如果符合67号文12条规定的情形，税务机构可以认为股权转让收入明显偏低，可以进行核定征收。
3、留存收益过高导致溢价过高多交企业所得税
根据国税函(2010)79号文的规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
建议：在发生股权转让时，可以先将留存收益进行分配(居民企业股东分配的股息、红利等投资收益免税)，降低净资产，再转让股权，从而降低股权转让的价格和转让所得，介绍企业的所得税。
一、股权投资转让有哪些规定
《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发〔2000〕118号)关于企业股权投资所得和投资转让所得确认规定如下：企业的股权投资所得是指企业通过股权投资从被投资企业所得税后累计未分配利润和累计盈余公积中分配取得股息性质的投资收益。凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税。
被投资企业分配给投资方企业的全部货币性资产和非货币性资产(包括被投资企业为投资方企业支付的与本身经营无关的任何费用)，应全部视为被投资企业对投资方企业的分配支付额。
除另有规定者外，不论企业会计账务中对投资采取何种方法核算，被投资企业会计账务上实际做利润分配处理(包括以盈余公积和未分配利润转增资本)时，投资方企业应确认投资所得的实现。
企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
另外，在《国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》(国税函〔2004〕390号)中对股权转让有关所得税问题还作了补充说明：
企业在一般的股权(包括转让股票或股份)买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发〔2000〕118号)有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。
企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发〈企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定〉的通知》(国税发〔1998〕97号)的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。