农村合作医疗不交的影响，具体如下：
1、影响农民住院报销，如果不断缴，农民生病住院只要达到了报销标准就会给报销一定比例的医药费，如果断缴了就失去了这方面的权利；
2、买药要自费。交了新农合农民就可以使用保障卡到药店买药，如果断缴，保障卡就失效了，农民买药只能自费；
3、会影响后续新农合的上缴。如果年年上缴，新农合方面就会有个良好的记录，而如果中间断缴了，后续想续交就会比较麻烦，可能需要相关的证明。
相关的办理程序：
（1）本人申请并积极缴纳合作医疗款；
（2）村委会审核并向镇合管站提交筹资花名册、筹资票据；
（3）镇合疗办复查，审核合疗筹资表，向县合疗中心提出申请签证；
（4）县合疗经办中心审核无误后，办理签证、盖章、登录，确认。
医疗保险一般指基本医疗保险，是为了补偿劳动者因疾病风险造成的经济损失而建立的一项社会保险制度。通过用人单位与个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，由医疗保险机构对其给予一定的经济补偿。
基本医疗保险制度的建立和实施集聚了单位和社会成员的经济力量，再加上的资助，可以使患病的社会成员从社会获得必要的物资帮助，减轻医疗费用负担，防止患病的社会成员“因病致贫”。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行